Санкт-Петербургский Академический университет был создан как научно-образовательный центр Физико-технического института им. А.Ф. Иоффе РАН в 1997 году в целях интеграции науки и образования в области физики и информационных технологий.
Инициатива его организации принадлежала директору ФТИ им. А.Ф. Иоффе РАН, вице-президенту РАН, академику Ж.И. Алфёрову, который возглавляет его с момента создания по настоящее время и является сегодня ректором Академического университета.