Черноморский филиал МГУ был открыт в г. Севастополе решением Ученого Совета МГУ №1 от 29 марта 1999 года по согласованию с высшими органами законодательной и исполнительной власти Российской Федерации и Украины. В 2008 году он был переименован в филиал МГУ в городе Севастополе.

Образовательный процесс в филиале осуществляется на основании лицензий, выданных Министерством образования и науки Российской Федерации в 2011 году и Министерством образования и науки Украины в 2010 году.

Специфика учебного процесса в филиале МГУ в г. Севастополе определяется его территориальной отдаленностью от головного вуза. Базовые лекционные курсы читают ведущие профессора и доценты МГУ, командируемые в Севастополь «вахтовым методом», т.е. поочередно, на 2-3 недели. Поэтому часть экзаменов и зачетов студенты сдают не во время сессии, а непосредственно после прослушивания лекций московских преподавателей.