Государственный университет морского и речного флота имени адмирала С.О. Макарова был образован в соответствии с приказом Министерства Транспорта Российской Федерации от 11.09.2012 № 341 о реорганизации в форме присоединения Федерального бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Государственная морская академия имени адмирала C.О. Макарова» к Федеральному бюджетному образовательному учреждению высшего профессионального образования «Санкт-Петербургский государственный университет водных коммуникаций».