Образован в 1986 году на базе Томского филиала института "Гипротюменнефтегаз" и Томского комплексного отдела института "СибНИИНП" (в 1987 г. в состав "ТомскНИПИнефть" передан Томский филиал института "Гипротрубопровод") .Число штатных сотрудников - 1700 человек.
Основной вид деятельности - комплексное проектирование производств и объектов нефтяной и газовой промышленности.
Институт имеет федеральные, региональные и территориальные лицензии на осуществление работ по всем направлениям деятельности, необходимым современным нефтяным компаниям.
Система менеджмента качества (СМК) сертифицирована на соответствие требованиям международного стандарта ISO 9001:2000. Сфера применения СМК - проектно-исследовательский инжиниринг в области геологии, разработки и обустройства нефтяных и газовых месторождений.
Основное преимущество ТомскНИПИнефти перед другими проектными институтами - комплексность проектирования.