Научно-исследовательский институт ядерной физики МГУ был основан 1 февраля 1946 г. Его создателем и первым директором был Д.В. Скобельцын. По ходатайству Ученого Совета НИИЯФ МГУ в 1993 г. решением Ученого Совета МГУ НИИЯФ было присвоено имя Д.В. Скобельцына.
После войны в стране начались работы по проблемам ядерной энергетики. Резко стала ощущаться нехватка специалистов для решения важнейших научных и прикладных задач. В целях подготовки кадров для развивавшейся в стране атомной науки и техники специальным Постановление Правительства в начале 1946 г. в МГУ были организованы 2-ой Научно-исследовательский физический институт (позднее переименованный в НИИЯФ МГУ) и отделение строения вещества физического факультета МГУ (позднее отделение ядерной физики физического факультета МГУ).