Институт проблем экологии и эволюции имени А.Н. Северцова РАН (ИПЭЭ РАН) был создан в 1934 году на базе Лаборатории эволюционной морфологии, основанной известным россииским ученым академиком Алексеем Николаевичем Северцовым, который и был первым директором. В 1936 году Институт разделили на два института: Палеонтологический институт и Институт эволюционной морфологии имени А.Н. Северцова (ИЭМ).
После ряда преобразований и переименований в 1967 году Институту был дано название Институт эволюционной морфологии и экологии животных имени А.Н. Северцова (ИЭМЭЖ). В 1994 году вследствие концентрации фундаментальных исследовании на проблемах экологии, эволюции и биоразнообразия Институт был переименован и получил свое современное название.
Формирование Института в современном его виде связано с именем академика Владимира Евгеньевича Соколова, который был директором Института в 1967 – 1998 гг. Благодаря его деятельности Институт стал одним из ведущих научно-исследовательских учреждений России биологического профиля.