Лимнологический институт СО РАН — один из институтов Иркутского научного центра Сибирского Отделения Академии Наук. Расположен в Иркутске.
Институт стал первым научным учреждением Академии наук в Сибири. Среди основных направлений научной деятельности: комплексные исследования озера Байкал и других водоёмов Сибири, лимнология (механизмы образования, биоразнообразие и эволюция озёрных систем), современное состояние и прогноз развития водоёмов и водотоков суши, живые системы (комплексное исследование гидробионтов методами классической и молекулярной биологии и смежных наук).