ПАО «Банк Балтийское Финансовое Агентство» был зарегистрирован в Санкт-Петербурге в 1994 году как акционерный банк «Ольгинский».
В 2003 году в связи с появлением новых владельцев кредитная организация была переименована в ЗАО «ПетроТрестБанк».
В 2006 году банк вошел в состав стратегических партнеров «БФА», а весной 2007 года получил наименование ОАО «Банк Балтийское Финансовое Агентство» (ОАО «Банк БФА»).
В 2011 году банк был включен в систему страхования вкладов и открыл представительство в Москве.
В сентябре 2013 года была осуществлена дополнительная эмиссия акций банка.
В 2015 году организационно-правовая форма была изменена на ПАО.