Создана в 1999 году на базе Клиники Неврозов им. И. П. Павлова. В ее создании участвовали: Ковпак Д. В., Палкин Ю. Р., Курпатов А. В., Каменюкин А. Г., Аверьянов Г. Г. и др. АКПП успешно прошла регистрацию в МинЮсте в 2012 году.
Ассоциация когнитивно-поведенческой психотерапии объединяет профессионалов в области психического здоровья: психиатров, психотерапевтов, психологов, а также врачей других специальностей. АКПП имеет единомышленников в регионах нашей страны и ближнего зарубежья.