Bioinformatics (C++ / Python)

Вы будете занимать центральную роль в разработке и оптимизации кода. Вы будете ежедневно работать с data science специалистами ProteiQ и Cambridge University над внедрением новых алгоритмов и их адаптации к использованию в облачной среде (Google Cloud Platform) и распределенной системе вычисления . Вы будете решать интересные проблемы и строить вместе с нами ведущую облачную платформу в области целевой протеомики. Большие возможности индивидуального роста.

Outcomes:

• Чистый и эффективный код
• Совместная разработка и внедрение новых алгоритмов
• Анализ существующих алгоритмов, разбор научных статей
• Оптимизация и адаптация алгоритмов для работы в распределенной среде

Competencies:

• Самостоятельность и ответственность, умение работать  в команде
  
• Опыт работы от 3х лет  в области разработки ПО 
• Использование фреймворков для тестирования C++ / Python
• English - intermediate  (нужно будет обсуждать технические темы на английском с DevOps в slack)
• Наличие высшего технического образования (теоретическая физика, обработка сигнала, масс спектрометрия ++)

About ProteiQ:

ProteiQ is a Berlin based Life Science company whose mission is to make state of the art proteomics accessible to everyone. Founded by the team that combines academic and industrial excellence, ProteiQ develops a unified scalable platform for targeted proteomics. Our solution saves time and makes it easier to focus on biological questions by providing a fully managed, scalable, and secure cloud proteomics solution that reduces methodological complexity and total cost for scientific community.

Team work and data-driven decisions are at our core, we are obsessed with success of our customers and expect each team member to take the full ownership of doing the right thing.   

ESOP (employee shareholder options) после 6 месяцев

Распишите Вашу гипотезу и предложите подход к решению данной проблемы:

As part of a distributed system (on google cloud platform), we are running a container with C++ application inside. The C++ application pulls the messages from RabbitMQ (using SimpleAmqpClient) and executes them.

The problem we are facing is that often (irrespective how many messages are in the queue) the C++ application just hangs & messages stopped being processed. As soon as we restart containers, processing continues and no freezing happens until new messages arrive.

We added the logic to handle messages in separate thread and set pre-fetch to 1. However the problem persists.