Образовательное учреждение создано в 1995 г. по инициативе Правительства Республики Карелия и руководства Северо-Западной академии государственной службы, как Карельский филиал СЗАГС в г.Петрозаводске, в целях подготовки кадров для органов государственной и муниципальной власти и управления Республики Карелия, федеральных органов на территории республики. В 2011 г. филиал преобразован в Карельский филиал Российской академии народного хозяйства и государственной службы (РАНХиГС) при Президенте Российской Федерации. Функции учредителя РАНХиГС выполняет Правительство Российской Федерации.