Красноярский государственный медицинский институт (КГМИ) был образован 21 ноября 1942 года решением Всесоюзного Комитета по делам Высшей школы при СНК СССР и народного комиссариата здравоохранения СССР путём слияния эвакуированных в Красноярск Воронежского стоматологического института, частей 1-го Ленинградского медицинского института и 2-го Ленинградского медицинского института, а также Ленинградского педиатрического института и Ленинградского стоматологического института.

В годы Великой Отечественной войны первым студентам вуза преподавал святитель, хирург, профессор В. Ф. Войно-Ясенецкий. Здесь он закончил свою монографию «Очерки гнойной хирургии», за которую в 1944 году ему была присуждена Сталинская премия.

В первом выпуске студентов КГМИ был пятьдесят один врач.

В 1958 году к единственной программе обучения — лечебное дело — был добавлен педиатрический факультет. В 1961 году был открыт педиатрический факультет, в 1978 году — стоматологический факультет.

В 1992—2013 годах в КГМИ действовал факультет высшего сестринского образования.

В 1995 году институт был переименован в Красноярскую государственную медицинскую академию (КрасГМА).

В 2006 году был открыт фармацевтический факультет, в 2010 году — факультет клинической психологии, в 2011 году — факультет медицинской кибернетики.

В 2007 году медицинской академии было присвоено имя профессора Валентина Феликсовича Войно-Ясенецкого, а в 2008 году — статус медицинского университета.