Институт создан Постановлением совета Министров СССР от 25 мая 1955 г. № 1015 «О дополнительных мерах по упорядочиванию подготовки специалистов с высшим образованием» как Коломенский филиал Московского вечернего машиностроительного института (с 1962 года Коломенский филиал Московского института электронного машиностроения).
Приказом министра высшего и среднего специального образования РСФСР от 16 августа 1963 г. №524 Коломенский филиал Московского института электронного машиностроения передан Всесоюзному заочному политехническому институту (ВЗПИ).
Постановлением Правительства РФ от 20 февраля 1992 г. №101 «О преобразовании Всесоюзного заочного политехнического института» в Московский государственный открытый университет филиал был переименован в Коломенский филиал Московского государственного открытого университета.
Приказом Министерства общего и профессионального образования РФ от 18 мая 1998 г. №1194 Коломенский филиал Московского государственного открытого университета был переименован в Коломенский институт (филиал) Московского государственного открытого университета.
Приказом Министерства образования и науки РФ от 11октября 2011г. №2458 Коломенский институт (филиал) федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования» Московский государственный открытый университет» переименован в Коломенский институт (филиал) федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Московский государственный открытый университет имени В.С. Черномырдина.
Приказом Минобрнауки России от 20.12.2012 N 1074 "О реорганизации федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования "Московский государственный машиностроительный университет (МАМИ)", федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования "Московский государственный открытый университет имени В.С. Черномырдина" и федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования "Московский государственный вечерний металлургический институт" Коломенский институт (филиал) Московского государственного открытого университета имени В.С. Черномырдина присоединен к Московскому государственному машиностроительному университету (МАМИ) и переименован в Коломенский институт (филиал) федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Московский государственный машиностроительный университет (МАМИ)» в г. Коломне Московской области.
В соответствии с приказом Минобрнауки России от 21 марта 2016 года в Москве создан Московский политехнический университет путем реорганизации в форме слияния Университета машиностроения (МАМИ) и Московского государственного университета печати имени Ивана Федорова (МГУП), в структуру которого, как филиал, вошел Коломенскийи институт.
За время своего существования вуз внес существенный вклад в развитие оборонно-промышленного комплекса юго-восточного региона Московской области, подготовив более 12 тыс. специалистов. Сегодня более 50% ИТР базовых предприятий: ОАО «Коломенский завод и НПК «Конструкторское бюро машиностроения» – выпускники Коломенского института.
У истоков создания института стояли выдающиеся отечественные конструкторы вооружения доктор технических наук, Герой Социалистического Труда Б.И. Шавырин, доктор технических наук, Герой Социалистического Труда С.П. Непобедимый, Советский государственный и военный деятель, генерал-майор инженерно-артиллерийской службы Н.Э. Носовский и директор Коломенского завода В.Н. Пашин. В разные годы в вузе работали известные ученые, доктора технических наук, профессора, дважды лауреат Государственной премии СССР в области науки и техники, Заслуженный деятель науки и техники РСФСР Е.А. Никитин, Заслуженный конструктор РФ, лауреат Государственной премии М.А. Салтыков, Н.Т. Романенко, Н.Н. Овечников, Ф.И. Пинский, А.И. Хуциев, Д.А. Дехович, А.И. Беляев, и др.
Сформировавшиеся традиции поддерживает работающий в настоящее время профессорско-преподавательский коллектив института.