На протяжении своей истории РАН содействовала созданию многих учебных заведений: Санкт-Петербургский университет, Московский государственный университет, университеты в Казани, Дерпте, Морская академия, Шляхетский корпус, Корпус горных инженеров, Варшавский университет и др.

В начале 1990-х гг. возникла идея создания отдельного университета при РАН, который бы смог частично восполнить недостаток гуманитарного знания в российском обществе. Таким образовательным учреждением в 1992 г. стал Российский центр гуманитарного образования (РЦГО), большой вклад в создание которого внесли А. О. Чубарьян, В. Л. Макаров, А. А. Гусейнов, В. С. Стёпин, В. А. Ядов, Б. Н. Топорнин и др.

Первоначальная концепция предполагала открытие университета, охватывающего все области деятельности Академии наук, в том числе наличие в структуре университета и факультетов точных наук. Название тоже предполагалось другим — Университет Российской академии наук (УРАН).

24 февраля 1994 г. РЦГО получил статус государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования (Университета). С этого момента началось развитие нового университета России. В течение нескольких лет факультеты открывались ежегодно. В основном по инициативе руководства академических институтов, где формировались базовые кафедры и научно-образовательные центры.

21 августа 1998 года Центр был преобразован в Государственный университет гуманитарных наук (ГУГН).

18 июня 2007 г. пост ректора ГУГН занял доктор исторических наук М. В. Бибиков, Президентом университета стал академик А. О. Чубарьян.

В 2008 г. учебное заведение получило академический статус и наименование Государственного академического университета гуманитарных наук (ГАУГН).

Президентом ГАУГН является академик РАН, научный руководитель Института всеобщей истории А. О. Чубарьян, а ректором — кандидат исторических наук Д. В. Фомин-Нилов.

На 2018 год занимал 44 место в списке самых востребованных гуманитарных вузов России согласно рейтингу «Социального навигатора» МИА «Россия сегодня»