Новгородский филиал был образован приказом от 8 января 1998 года № 2 ректора Российской академии государственной службы при Президенте Российской Федерации и осуществлял свою деятельность как базовое образовательное учреждение подготовки специалистов в сфере государственного и муниципального управления, экономики и финансов (филиал СЗАГС в г. Великий Новгород). С 20 сентября 2010 года филиал СЗАГС в г. Великий Новгород вошел в состав Российской академии народного хозяйства и государственной службы при Президенте Российской Федерации.