Работал с Болковым М.А. над анализом дефицита гена HOIL1 и создал пайплайн для повторения результатов. Наше решение предполагало загрузку и дальнейшую параллельную обработку данных с использованием широко используемых методов: GSEA, ORA, графы KEGG, сети PP
Фреймворки: Snakemake, gage, renv, cemi tool, topGO, ggplot2
Ссылка на проект
Работал с Ушениным К.С. и Курсанов А.Г. для создания пайплайна, в который поступает ввод из последовательностей генов и производит филогенетическое дерево. Наше решение может анализировать набор статей и вытащить из них индексы RefSeq, GenBank, UniProt. Затем, используя эти индексы загружают последовательность геномов и строят филогенетические деревья. Наше решение поддерживает несколько способов визуализации данных
Фреймворки: Docker, Snakemake, R, ggtree, nexus, clustalw, biopython
Ссылка на проект
Работал с Ушениным К.С. и Соловьева О. Создал алгоритм, который ищет
аномалий в популяциях математических моделей кардиомиоцитов.
По результатам работы мы придумали решение, позволяющее выявить
маргинальное поведение математических моделей электрофизиологии
кардиомиоциты и нейроны
Фреймворки: myokit, Keras, sklearn, numpy, pandas, matplotlib, seaborn
Ссылка на статью
Математика и компьютерные науки