Педагогический институт был открыт в Вологде в 1918 году на базе учительского института, созданного в 1912 году. В 1930 году на его базе основан Северный краевой педагогический институт, в 1932 году переименованный в Вологодский государственный педагогический институт. В 1940—1957 годах носил имя В. М. Молотова. В 1995 году преобразован в Вологодский государственный педагогический университет.  В 2012 году по результатам мониторинга эффективности ВУЗов, проводимым Министерством образования и науки РФ, ФГБОУ ВПО "Вологодский государственный педагогический университет" был признан неэффективным и нуждающимся в реорганизации. 28 августа 2013 года был издан приказ Минобрнауки России № 1001 «О реорганизации федерального государственного  бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Вологодский государственный технический университет» и федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Вологодский государственный педагогический  университет», согласно которому ВГПУ должен быть реорганизован путём присоединения к ВоГТУ в качестве структурного подразделения. 24 октября 2013 года был издан приказ Министерства образования и науки №1182 о переименовании ВоГТУ в Вологодский государственный университет. Само переименование было произведено 14 ноября 2013 года. Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Вологодский  государственный  педагогический университет» исключено из Единого государственного реестра юридических лиц 10 июня 2014 года и с 11 июня 2014 года присоединено к федеральному государственному бюджетному образовательному учреждению высшего профессионального образования «Вологодский государственный  университет» в качестве структурного подразделения.