Учебное заведение было открыто в апреле 1977 года как филиал Харьковского сельскохозяйственного института им. Докучаева.

В феврале 1990 года на базе филиала был создан Сумский сельскохозяйственный институт.

В марте 1995 года Верховная Рада Украины внесла Сумский сельскохозяйственный институт и учебно-опытное хозяйство СумСХИ в перечень предприятий и организаций, приватизация которых запрещена в связи с их общегосударственным значением.

В 1997 году в состав СумСХИ был передан Сумский сельскохозяйственный техникум после чего институт получил статус университета.

7 августа 2001 года университету был присвоен статус национального.

Согласно решению государственной аккредитационной комиссии Министерства образования и науки Украины от 27.11.2007р., Протокол № 68, Сумский национальный аграрный университет признан аккредитованным по статусу вуза IV (четвёртого) уровня на период до 01 июля 2017 г. (Сертификат РД-IV № 193846).

4 февраля 2015 года Кабинет министров Украины передал университет из сферы управления министерства аграрной политики и продовольствия Украины в ведение министерства образования и науки Украины.