Основан на технической базе Калининградского высшего инженерного ордена Ленина краснознаменного училища инженерных войск им. А. А. Жданова (КВИУИВ), которое в 1995 году было переведено в г. Кстово, Нижегородской области.

Приказ о создании института подписан 26 декабря 1995 года.

Первый набор курсантов был осуществлен в 1996 году.

До 2003 года институт относился к Федеральной Пограничной службе РФ, которая являлась самостоятельным ведомством, и назывался «Калининградский Военный институт ФПС РФ».

В различные периоды обучалось от 500 до 2500 человек. Мощный профессорско-преподавательский состав обеспечивает высокий уровень подачи материала и привития практических навыков.

В 2012 году, при поддержке благотворителей, восстановлен силами курсантов и сотрудников учебного заведения Храм преподобного Илии Муромца РПЦ МП. Святой Илья Муромец является покровителем пограничников. Епископ Балтийский Серафим освятил церковь в день Введения во храм Пресвятой Богородицы. По установившейся традиции на этот день назначен и Храмовый праздник. Считается, что начало этому обычаю положил в 1894 году министр финансов Российской Империи и шеф Отдельного Корпуса пограничной стражи Сергей Витте, подписав соответствующий приказ