Музей основан в 1896 году. Музей располагается в Провиантских складах, памятнике архитектуры федерального значения. Фондовая коллекция насчитывает около 800 000 единиц хранения, в том числе богатое собрание археологических артефактов. Музей Москвы также включает несколько филиалов: Музей археологии Москвы, Музей истории Лефортово, Центр Гиляровского, Музей «Садовое кольцо», Музей Зеленограда, Библиотеку имени Добролюбова.